ストックオプション発行手続の実務｜株主総会決議から登記・調書まで

こんにちは。LegalAgent 代表弁護士の朝戸です。

ストックオプションに関する解説は設計論が中心になりやすいものですが、実際の案件で現場の工数が割かれるのは、設計が固まった後の各種手続です。株主総会の決議、発行要項と割当契約の作成、新株予約権原簿の整備など、書類そのものは定型的に見えても、手順や法定の期限を取り違えると、後々のデューデリジェンスで説明に苦慮する原因になります。

この記事では、実際の案件で作成する書類の流れに沿って、税制適格ストックオプションの発行手続を順序立てて解説します。税制適格の要件そのものは基礎編、要件の当てはめでつまずきやすい論点は応用編で書いています。

なお、本稿は取締役会を設置していない非公開会社（すべての株式に譲渡制限を設けている会社）を主な対象として説明しています。機関設計や定款の規定によって決議機関等は異なるため、実際の発行にあたっては自社の定款とあわせて確認してください。

割当日から逆算する発行スケジュールの全体像

手続の全体像は、設計（付与対象者・個数・ベスティング・行使価額の方針）、税理士と連携した行使価額の算定、株主総会での募集事項の決議、必要に応じた種類株主総会、申込者への通知と申込み、割当ての決定とその通知、これらに対応する割当契約の締結、割当日の到来（この日に新株予約権者となります・会社法245条）、新株予約権原簿への記載、変更登記の申請、税務署への調書提出、そして発行後の運用という順序をたどります。

スケジュール管理で特に意識したい期限は変更登記です。新株予約権の発行に伴う変更登記は、割当日から2週間以内に法務局へ申請しなければなりません（会社法915条1項）。

また、決議のタイミングも考慮します。定時株主総会の議案にストックオプションの発行を組み込み、他の決算議案等と同時に決議する進行もよく見られます。臨時株主総会を別途開催する負担を抑えられる一方、定時総会の時期に合わせて設計や株価算定を完了させておく必要があるため、総会の2〜3か月前には検討に着手しておくことが進行の安全につながります。

株主総会の書面決議と種類株主総会の要否

非公開会社における募集新株予約権の募集事項の決定は、原則として株主総会の特別決議により行います（会社法238条2項）。無償発行のストックオプションでは、無償である旨を募集事項として定め、無償発行が引受人に特に有利な条件となる場合は、その条件で発行する必要性を株主総会で説明します。インセンティブ目的などの理由を資料にも残しておくと、決議の経緯を確認しやすくなります。なお、株主総会決議によって募集事項の決定を取締役（取締役会設置会社では取締役会）に委任することも可能ですが、会社法239条に基づく通常の委任では割当日が決議日から1年以内である必要があります。また、産業競争力強化法に基づくストックオプション・プール制度では、主務大臣の確認等を受けることで委任事項や期間に関する特例が認められています。

株主数が限られるスタートアップでは、実際に株主が一堂に会する総会を開く代わりに、会社法319条の決議省略（いわゆる書面決議・みなし決議）を活用することが通例です。実務では「株主総会決議省略提案書兼同意書」として提案内容と同意書を一体化した書面を用意し、当該議案について議決権を行使できる株主の全員が書面または電磁的記録により同意することで決議があったものとみなされます（議決権を有しない株主全員の同意まで一律に要する扱いはとられていません）。なお、取締役会設置会社において取締役会の書面決議（会社法370条）を行う場合には、定款の定め、議決に加わることができる取締役全員の同意、および監査役設置会社では監査役からの異議がないことが要件となります。取締役の同意は書面又は電磁的記録で受けます。

種類株式発行会社では、これらに加えて種類株主総会の要否を確認します。ストックオプションの目的株式が譲渡制限株式である場合の種類株主総会（会社法238条4項。定款に別段の定めがある場合や当該総会で議決権を行使できる種類株主がいない場合を除く）や、ある種類の株主に損害を及ぼすおそれがある場合（会社法322条）など、定款規定や発行条件によって要否が分かれます。すべての種類株主総会を機械的に開くのではなく、自社の状況に即して判断します。優先株主に海外投資家が含まれる場合は同意書の回収に日数を要することがあるため、開催要否の確認は日程の早い段階で済ませておくことが進行の遅延を防ぐ手立てとなります。

発行要項の記載事項と割当契約の一体化実務

発行要項（発行要領）は、新株予約権の内容そのものを定める基本文書です。目的株式の種類と数、無償発行である旨、行使価額およびその調整条項、行使期間、行使条件（上場前の行使制限や買収時の行使可能期間）、会社による無償取得事由、譲渡制限、組織再編時の取扱い、資本金および資本準備金の計上に関する事項などを明確に定めます。

税制適格の観点からは、行使価額と行使期間の整合がとりわけ大切です。行使価額は契約締結時の時価以上であることが要件となるため、適用する評価方法で算定された価額以上に行使価額を定め、発行要項と割当契約に記載された行使価額が合致しているかを突き合わせて確認します（算定の考え方は応用編で説明しています）。行使期間についても、原則の「付与決議の日後2年から10年」か、付与決議日に設立5年未満の非上場会社を対象とする15年の特例かを、登記簿の設立年月日と判定基準日を照合して確認します。また海外居住者に付与する場合は、国内での勤務期間や租税条約、現地の法規制を検証したうえで、必要に応じて国内用と別立ての発行要項を用意して条件を管理します。

会社法上、新株予約権の発行には、引受けの申込みをしようとする者への通知、申込み、割当ての決定、割当ての通知という一連の手順が定められています。実務ではこれらを「新株予約権割当契約書兼申込証」という一体の契約書に集約する方式が広く用いられています。書面上で会社法上の通知や申込み、割当通知の機能を兼ねる旨を明記して手続を進めますが、契約書への署名のみで会社の正式な割当決定を省略できるわけではありません。申込みと割当決議の順序を遵守し、割当日の前日までに割当数を通知する進行を整えます。なお、総数引受契約（会社法244条）による場合は申込み・割当ての手続（同法242条・243条）は適用されませんが、契約締結自体の承認決議（同法244条3項）の要否は別途確認を要します。いずれの手法をとる場合であっても、割当日に付与対象者が新株予約権者となる点に差異は生じません。

割当契約書には、会社法の手続事項にとどまらず、新株予約権を譲渡してはならないこと、年間権利行使価額の限度、行使後の株式管理といった税制適格の要件、さらにはベスティング条件や退職時の取扱いといった会社の設計条件が盛り込まれます。対象者ごとに割当個数やベスティングの起算日が異なるため、対象者名簿と契約書の記載を慎重に照合する作業が欠かせません。

発行後の登記申請・法定調書と権利の管理運用

割当日が到来した後は、事後的な手続が順次進行します。

まず新株予約権原簿の作成です。誰に、いつ、何個、どのような内容の新株予約権を発行したかを記録します。原簿の作成自体には商業登記のような2週間という法定期間が定められているわけではありませんが、以後の権利行使、権利放棄、税制改正対応、さらにはデューデリジェンスの出発点となる台帳であるため、発行の都度速やかに調製・更新しておきます。

次に商業登記の申請です。新株予約権の割当日から2週間以内に、発行要項の内容を反映した変更登記を法務局へ申請します（会社法915条1項）。登記申請書に加え、株主総会議事録（書面決議の場合は決議があったものとみなされた事項を記載した議事録）や株主リスト、司法書士等への委任状といった添付書面をそろえます。登記が遅滞すると過料の対象となり得るため、割当日を定めた段階で登記申請の予定日をあらかじめ確保しておきます。

さらに税務署への法定調書の提出が控えています。税制適格ストックオプションを付与した会社は、付与に関する調書を翌年1月31日までに管轄税務署へ提出します。休日に当たる場合の期限の扱いを含め、国税庁の案内で提出期限と様式を確認します。なお、税制適格の要件確認は付与時のみで完結する手続とは言えません。権利行使の際にも租税特別措置法29条の2第2項に基づく誓約書等の提出を受け、大口株主等への該当性や年間の権利行使価額の状況を確認する手順をとります。

発行後の日常的な運用も手続の成否を分けます。退職者が生じた場合は、発行要項や割当契約の設計に沿って、例外的な行使の承認、取得条項に基づく無償取得（会社法273条〜275条）、本人による権利放棄、または行使不能による消滅（会社法287条）など、該当する処理を識別して原簿に反映させます（すべての退職者から放棄書を回収することが法律上義務付けられているとは限らない点にも留意します）。また、2024年の税制改正時に設けられた既発行分の契約変更に関する経過措置（2024年12月31日期限）はすでに終了していますが、将来新たな税制改正が行われた際には既存の契約を見直す対応が生じ得ます。発行要項、割当契約書、新株予約権原簿、資本政策表の整合性を常に保っておくことが、将来の制度変更やデューデリジェンスに落ち着いて向き合うための土台となります。発行要項の作成から登記・調書までの対応範囲はスタートアップ法務・資金調達支援に記載しています。