株式譲渡と事業譲渡の違い｜M&Aで何が移るかの判断基準
こんにちは。LegalAgent 代表弁護士の朝戸です。
M&Aの初回相談では、「対象会社を丸ごと買うのか、事業だけを買うのか」という一言で、その後の検討事項が大きく変わります。同じ買収対象を見ていても、株式譲渡と事業譲渡では、法的に何が移転するのかという前提が根本的に異なるからです。
株式譲渡と事業譲渡のどちらを選ぶかは、税務上の有利不利だけでは決まりません。承継する権利義務の範囲、契約相手方の同意、従業員の労働契約、許認可の扱い、株主総会の手続、クロージング後の運営体制まで、複数の論点を横断して確認する必要があります。
会社を買うのか、事業を買うのかで対象が変わる
株式譲渡は、対象会社の株主が保有する株式を買主に譲渡する取引です。対象会社という法人格はそのまま存続し、代金は株主に対して支払われます。会社の中身、つまり会社に帰属する資産、負債、契約、許認可、雇用契約は、株主が入れ替わっても当然には変わりません。
事業譲渡は、これとは構造が異なります。対象会社という法人格は譲渡人のもとにとどまり、事業を構成する資産、負債、契約上の地位、知的財産などを、買主との合意によって個別に特定し、譲渡人から買主へ移転させます。代金は対象会社（譲渡人）に対して支払われ、株主が代金を受け取る株式譲渡とは支払先が異なります。
| 比較項目 | 株式譲渡 | 事業譲渡 |
|---|---|---|
| 譲渡の対象 | 対象会社の株式（会社という法人格全体） | 事業を構成する資産・負債・契約等を個別に特定 |
| 対価の帰属先 | 既存株主 | 対象会社（譲渡人） |
| 法人格 | 対象会社はそのまま存続 | 譲渡人・譲受人とも別法人として存続 |
| 契約上の地位 | 原則として変動なし（ただしCoC条項の対象になり得る） | 相手方の個別の承諾がなければ移転しない |
| 債務 | 会社に帰属する債務を包括的に維持 | 譲渡対象として特定した債務のみ承継（商号続用・詐害譲渡の例外あり） |
| 従業員 | 雇用契約はそのまま存続 | 転籍として個別の合意が必要 |
| 許認可 | 名義人である会社が変わらないため維持されやすい（業法による届出が必要な場合はある） | 譲受人に当然には移転せず、新規取得又は業法上の承継手続が必要 |
| 株主総会決議 | 譲渡自体に会社法467条の決議は不要（譲渡制限株式なら別途承認手続） | 事業の全部又は重要な一部の譲渡は原則として特別決議が必要 |
ここで見落とされやすいのが、株式譲渡でも契約上の同意が一切不要になるわけではないという点です。対象会社が締結している主要契約にチェンジ・オブ・コントロール条項があれば、会社という法人格が変わらなくても、株主構成の変更自体が通知義務や承諾義務の対象になります。この条項の読み方はチェンジ・オブ・コントロール条項レビューのチェックポイントで扱っています。
承継範囲と簿外債務の違い
株式譲渡では、対象会社という法人格ごと取得するため、貸借対照表に載っている資産・負債だけでなく、簿外債務、偶発債務、進行中の紛争、税務否認リスクなど、買収時点で把握できていなかったものも含めて包括的に引き継ぐことになります。買収前に発見できなかったリスクは、表明保証や補償で手当てされない限り、そのまま買主が抱え続けます。この調査の目的と進め方は法務デューデリジェンスの目的・流れ・必要資料で説明しています。
事業譲渡では、譲渡対象となる資産・負債・契約を個別に特定できるため、買主が引き継ぎたい範囲だけを選んで承継することができます。書籍『M&A契約 モデル条項と解説』はこれを「チェリーピッキング」（よい資産だけを承継すること）と呼び、事業買収型の取引の特徴として位置づけています。譲渡対象に含めなかった債務は、原則として買主に移転しません。
もっとも、この原則には例外があります。譲渡人が、承継されない債務の債権者（残存債権者）を害することを知って事業譲渡を行った場合、残存債権者は、譲受人に対し、承継した財産の価額を限度として、当該債務の履行を直接請求できます（会社法23条の2）。譲受人が債権者を害する事実を知らなかったときは、この請求はできません。また、譲受人が譲渡人の商号を続用した場合には、譲受人も譲渡人の事業によって生じた債務を弁済する責任を負います（会社法22条1項）。したがって、事業譲渡を選べば過去の債務を必ず遮断できるとは言い切れず、譲渡人の財務状況や商号の扱いを踏まえた設計が必要になります。
もう一つ注意したいのは、譲渡対象の特定漏れです。事業譲渡では、対象事業に関連する契約、許認可、システム利用権、業務フローの一部を見落とすと、その部分は買主に移転せず、クロージング後に事業を継続できない場面が生じます。株式譲渡が「特定しなくても丸ごと移る」取引であるのに対し、事業譲渡は「特定しなければ移らない」取引である点が、承継範囲の違いの核心です。
契約・従業員・許認可はどう移るか
契約上の地位の扱いは、株式譲渡と事業譲渡で大きく異なります。株式譲渡では、対象会社が当事者である契約はそのまま維持されるため、原則として相手方の同意は不要です。事業譲渡では、契約上の地位を買主に移すために、契約の相手方から個別の承諾を得る必要があります。主要契約が多い会社ほど、承諾取得に必要な件数と時間が増えます。
従業員についても同様です。株式譲渡では雇用契約の当事者（対象会社）が変わらないため、労働条件は当然には変わりません。事業譲渡で従業員を承継させる場合は、転籍として個別の合意を得る必要があります。ここで会社分割と混同しないことが重要です。会社分割では、承継する事業に主として従事する労働者について、労働契約承継法に基づき、同意なく承継会社に労働契約が引き継がれる仕組みが用意されています（労働者への通知や一定の場合の異議手続が法定されています）。事業譲渡にはこの仕組みがなく、従業員一人ひとりの個別合意が前提になります。会社分割は事業譲渡とは別の組織再編手法であり、両者を同じ「包括承継」として扱うことはできません。
許認可の扱いも実務上の負担が大きい論点です。許認可は、原則として名義人である法人に対して与えられます。株式譲渡では、名義人である対象会社が変わらないため許認可は維持されやすい一方、業法によっては株主構成の変更について届出や事前承認が求められることがあります。事業譲渡では、譲渡人に与えられた許認可は譲受人に当然には移転しないため、譲受人側で新規に取得するか、業法上の地位承継手続（認可・届出）を経る必要があります。承継手続の有無と要件は根拠法令ごとに異なるため、対象事業に必要な許認可を洗い出し、承継手続を使えるか新規取得が必要かを個別に確認する作業が欠かせません。
顧客データを含む個人情報の扱いにも触れておきます。事業譲渡や合併等の事業承継に伴って個人データを提供する場合、提供を受ける者は個人情報保護法上の「第三者」に該当しないものとされ、本人の同意なく提供を受けることができます（個人情報保護法27条5項2号）。ただし、承継前の利用目的の達成に必要な範囲を超えて取り扱うことはできません（同法18条2項）。株式譲渡では会社自体が変わらないため、この第三者提供の論点自体が生じにくい点も、事業譲渡との違いとして押さえておきたいところです。
株主総会の承認と反対株主の手続
事業譲渡について、株主総会の特別決議が常に必要だと考えるのは正確ではありません。会社法467条1項は、事業の全部の譲渡、又は事業の重要な一部の譲渡をする場合に、原則として株主総会の特別決議による契約の承認を要求しています（会社法309条2項11号）。ここでいう「重要な一部の譲渡」には、譲渡する資産の帳簿価額が総資産額の一定割合（5分の1、これを下回る割合を定款で定めた場合はその割合）を超えないものは含まれません。譲渡規模が小さい取引は、そもそも467条の承認対象に当たらないことになります。
さらに、承認決議が不要になる場合が二つあります。一つは略式手続で、事業譲渡等の相手方が、総株主の議決権の10分の9以上を保有する特別支配会社である場合には、譲渡側・譲受側を問わず株主総会決議を要しません（会社法468条1項）。もう一つは簡易手続で、他の会社の事業の全部を譲り受ける場合に、対価として交付する財産の帳簿価額の合計額が譲受会社の純資産額の5分の1（これを下回る割合を定款で定めた場合はその割合）を超えないときは、譲受会社側の株主総会決議を要しません（同条2項）。ただし、簡易手続では、一定数の株主が反対を通知した場合に決議が必要となることがあります（同条3項）。
株式譲渡そのものは、会社法467条の適用対象ではありません。ただし、対象会社の株式が譲渡制限株式である場合には、取締役会や株主総会による譲渡承認手続が別途必要になります。事業譲渡の承認手続と、株式の譲渡承認手続は、根拠条文も判断主体も異なるため、混同しないよう確認します。
事業譲渡等について株主総会の決議を要する場合、決議に先立って反対の通知をし、総会でも反対した株主（反対株主）は、対象会社に対して、自己の保有する株式を公正な価格で買い取ることを請求できます（会社法469条）。簡易手続によって株主総会決議が不要となる場合は、原則としてこの株式買取請求権も生じません。少数株主がいる会社では、決議の要否だけでなく、買取請求への対応可能性まで確認しておく必要があります。
税務と対価を別表で確認する理由
税務上の取扱いは、株式譲渡と事業譲渡のどちらが有利かを一律に決められる論点ではありません。消費税では、株式譲渡は有価証券の譲渡として非課税取引に区分される一方、事業譲渡では、譲渡対象に含まれる棚卸資産、設備、のれんなどの譲渡が課税取引に当たることがあります。不動産を含む事業譲渡では、登録免許税や不動産取得税が発生することもあります。
株主側の税務も、法人株主か個人株主かで扱いが異なります。譲渡所得として扱われる場合の税率や計算方法は、株主の属性、保有期間、対価の受領方法によって変わります。対象会社に繰越欠損金がある場合、株式譲渡では会社にそのまま残る一方、事業譲渡では対象事業に紐づく繰越欠損金は移転しません。組織再編税制や個別の資産構成が絡む場面では、法務の判断だけで税額を見積もることはできません。
これらの論点は、法務のレビューだけで完結しません。対価の額、対象資産の構成、株主の属性、消費税・不動産関連税の発生有無を整理した資料を、税理士に確認してもらう工程を、スキーム決定前に組み込む必要があります。SPAの補償・価格調整条項をどう設計するかも、税務上の前提が固まってから検討することになります。この点はSPA（株式譲渡契約）の補償・価格調整・クロージングで扱っています。
スキーム決定前に集める資料
株式譲渡と事業譲渡のどちらを選ぶかは、承継対象、不要債務の切り分け、契約同意の負担、従業員の扱い、許認可の承継可否、税務、クロージング後の運営を横断して判断する必要があります。翌営業日に着手できるよう、次の資料を洗い出しておくと、専門家との初回協議が具体的になります。
- 契約一覧（相手方、契約期間、チェンジ・オブ・コントロール条項、譲渡禁止条項の有無）
- 許認可一覧（根拠法令、名義、承継手続の有無、届出・再取得の要否）
- 従業員一覧（雇用形態、勤続年数、対象事業への従事状況）
- 資産負債一覧（帳簿価額、簿外債務・偶発債務の有無、担保設定状況）
- 株主構成（株主総会決議の要否、反対株主の有無、譲渡制限の有無）
- 税務試算（消費税・不動産関連税の発生見込み、株主属性ごとの課税関係）
- クロージング後の移行計画（システム、契約、許認可、従業員の引継ぎ時期）
これらの資料が揃っていないと、専門家との初回協議でもスキームの絞り込みが進みません。特に契約一覧と許認可一覧は、事業譲渡を検討する場合に承諾取得や再取得の作業量を左右するため、早い段階で着手することをお勧めします。
よくある質問
株式譲渡と事業譲渡では何が違いますか？
株式譲渡は対象会社の株式を取得する取引で、法人格はそのまま維持され、会社に帰属する資産・負債・契約を包括的に引き継ぎます。事業譲渡は資産・負債・契約等を個別に特定して移転する取引で、譲渡対象に含めなかった債務は原則として承継されません。
株式譲渡なら契約の同意なしで進められますか？
対象会社が当事者である契約は株主が変わっても当然には終了しませんが、主要契約にチェンジ・オブ・コントロール条項があれば、株主構成の変更自体が通知義務や承諾義務の対象になることがあります。事業譲渡では、契約上の地位を移すために相手方の個別の承諾が必要です。
事業譲渡で従業員や許認可はどう扱われますか？
事業譲渡では従業員を承継させる場合に転籍として個別の合意が必要で、会社分割のように同意なく労働契約が承継される仕組みはありません。許認可は原則として名義人である法人に与えられるため、事業譲渡では譲受人に当然には移転せず、譲受人側での新規取得又は業法上の地位承継手続（認可・届出）が必要になる場合があります。